拉卡拉POS机扫码0.38%的费率是指，当用户使用支付宝、微信等主流支付应用进行扫码支付时，商家需要支付的手续费率为交易金额的0.38%。

具体计算方法为：手续费 = 交易金额 × 费率。例如，如果扫码支付金额为1000元，费率为0.38%，则手续费为1000 × 0.38% = 3.8元。

因此，刷1000元时，商家需要支付的手续费为3.8元。

需要注意的是，扫码支付通常适用于小额交易，并且可能有支付限额。超出限额的交易可能会按照其他费率（如刷卡费率）来计算手续费。此外，费率可能会因不同的POS机型号、代理商政策或促销活动而有所调整，具体费率以办理时的合同约定为准。